Question posée le 17/04/2020.

Bonjour,

Votre question concerne différentes rumeurs et hypothèses qui circulent depuis le mois de janvier sur l'origine du nouveau coronavirus (Sars-CoV-2), responsable d'une pandémie dont le point départ était la ville de Wuhan.

Dès la fin du mois de décembre 2019, les autorités locales désignaient un marché de la ville comme épicentre de l'épidémie en Chine. «Les preuves suggèrent fortement que l'épidémie est associée à des expositions [entre humain et animal] sur un marché de fruits de mer à Wuhan», indique dans la foulée, mi-janvier, l'Organisation mondiale de la santé. Quelques jours plus tard, une étude publiée par la revue médicale britannique The Lancet note toutefois que le premier patient répertorié n'aurait aucun lien avec le marché, laissant ouverte la question de l'origine du virus.

Un virus naturel échappé du laboratoire P4 de Wuhan ?

Dans une série d'articles publiés depuis le 14 avril, plusieurs médias américains rapportent que les services de renseignement de la Maison Blanche «considèrent la possibilité» que le coronavirus ait pu s'échapper d'un laboratoire chinois, comme l'a par exemple écrit Yahoo News. Tous citent des sources anonymes «dans le renseignement ou la sécurité nationale» avec plus ou de moins de prudence, et visent entre autres l'Institut de virologie de Wuhan qui héberge un laboratoire de catégorie P4 (en référence aux «pathogènes de classe 4» que le niveau de sécurité du labo permet de manipuler, soit les micro-organismes les plus dangereux).

Fox News fait partie des plus affirmatifs : selon la chaîne pro-Trump, l'administration américaine serait «de plus en plus assurée» du fait «que l'épidémie trouve son origine dans un laboratoire de Wuhan». Rien de définitif toutefois, puisque les sources de Fox News ne font que «croire» que «la transmission initiale du virus […] est de la chauve-souris vers l'humain et que le patient zéro travaillait dans ce laboratoire».

A noter que ni Yahoo News ni Fox News ne prétendent que le virus ait pu être fabriqué dans ce laboratoire (contrairement à ce que certains médias français ont pu écrire), mais qu'un accident aurait conduit à sa diffusion.

Avertissements officiels à Washington en 2018

Dans un article à mi-chemin entre l'enquête et la tribune, c'est le Washington Post qui a ajouté un nouvel élément au dossier. Le quotidien américain révèle ainsi que «deux ans avant la pandémie de coronavirus, des responsables de l'ambassade américaine ont visité des installations de [l'Institut de virologie de Wuhan] plusieurs fois et ont envoyé deux avertissements officiels à Washington sur les conditions inappropriées de sécurité dans le laboratoire, qui conduisait des études risquées à propos des coronavirus provenant de chauve-souris». Ces câbles diplomatiques ont «alimenté les discussions au sein du gouvernement américain sur le fait de savoir si ce laboratoire de Wuhan ou un autre» était à l'origine de la contamination, «même si des preuves concrètes restent à être trouvées».

Preuve du flou qui persiste dans cette affaire, le Washington Post relève que les soupçons américains portent aussi bien sur l'Institut de virologie de Wuhan que sur le Centre de contrôle et de prévention des maladies de la même ville, qui dispose, lui, d'un laboratoire d'un niveau de sécurité inférieur (P2).

Enquête américaine

D'autant que les diplomaties occidentales restent à ce stade vagues sur le sujet. «Nous menons une enquête exhaustive sur tout ce que nous pouvons apprendre sur la façon dont ce virus s'est propagé, a contaminé le monde et a provoqué une telle tragédie», a ainsi déclaré Mike Pompeo, chef de la diplomatie américaine, toujours sur Fox News.

Emmanuel Macron a lui estimé qu'il existait des «zones d'ombre» dans la gestion de l'épidémie par la Chine, dans un entretien au Financial Times, et qu'il y a «manifestement des choses qui se sont passées qu'on ne sait pas». Selon une source à l'Elysée, cette réponse n'avait toutefois pas de lien avec la polémique sur le laboratoire : «Le Président répondait à une question générale sur la plus grande capacité supposée des régimes autoritaires à gérer l'épidémie, et rappelait la nécessité absolue de transparence à l'échelle globale pour combattre l'épidémie, transparence rendue difficile quand il n'y a pas de liberté d'expression et d'information.»

Début avril, le tabloïd Daily Mail expliquait de son côté que «l'hypothèse» d'une fuite du laboratoire «n'était plus écartée» par des sources gouvernementales britanniques. Là encore, il s'agissait d'une hypothèse de travail, et non de la conclusion d'une enquête.

Côté chinois, la chercheuse Shi Zhengli, spécialiste reconnue du coronavirus basée à l'Institut de virologie de Wuhan a expliqué au magazine Scientific American s'être interrogée : «Si les coronavirus sont les responsables [de l'épidémie], est-ce qu'ils viennent de notre labo ?» Elle assure toutefois que les séquences du Sars-CoV-2 ne correspondent à aucun des virus sur lesquels elle ou son équipe travaillaient. La diplomatie chinoise écarte également l'hypothèse, estimant que cette «soi-disant fuite n'a aucune base scientifique».

«Fabriqué»

Avant ces articles, une théorie s'était largement répandue sur les réseaux sociaux, dès janvier : le virus aurait été «fabriqué» dans ce laboratoire de Wuhan. La rumeur a évolué au gré des reprises par les internautes jusqu'à la diffusion, début mars, d'une vidéo française qui assure que le virus aurait été créé par l'Institut Pasteur. Ces images deviennent virales : en quelques heures, elles cumulent plus de 3 millions de vues et 100 000 partages.

Pourtant, absolument rien n'accrédite ces thèses. Si l'Institut de virologie de Wuhan dispose bien d'un laboratoire P4, la piste d'un virus «fabriqué» a été écartée par l'ensemble de la littérature scientifique sur le sujet.

Manipulation génétique d’un virus : une thèse réfutable… et réfutée

Selon les principales rumeurs relayées sur les réseaux sociaux et par certains médias, le Sars-CoV-2 proviendrait d'une «manipulation intentionnelle», soit du Sars-CoV-1 (virus responsable de l'épidémie de 2002 en Chine), soit d'un virus de chauve-souris.

Un virus se réplique en transférant son génome dans les cellules des organismes qu'il infecte. Les copies du génome ne sont pas toujours parfaites : les anomalies de réplication (les «mutations») sont aléatoires. En comparant le nombre et la localisation des mutations dans deux génomes de virus, on peut déterminer s'ils sont de très proches parents… ou de très lointains cousins.

Les mutations très rapides des coronavirus infectant les animaux sont abondamment documentées dans la littérature scientifique vétérinaire. Ces mutations spontanées favorisent l'émergence de souches pouvant infecter de nouvelles espèces (divers virus porcins dérivent ainsi de coronavirus infectant les chauves-souris, les oiseaux ou les chiens).

La lignée animale qui a favorisé l'émergence du Sars-CoV-1 est connue, puisque son génome est à semblable à 99,8% avec celui d'un coronavirus infectant les civettes palmistes. La séquence du génome du Sars-CoV-2, pour sa part, est semblable à 96,3% à RaTG13-CoV, un bêta coronavirus de chauve-souris. De leur côté, les différences entre Sars-CoV-1 et Sars-CoV-2 avoisinent les 20% ! L'étendue de ces différences démontre que le coronavirus responsable du Covid-19 ne dérive pas de celui responsable de l'épidémie de 2002.

Les mutations qui séparent RaTG13-CoV de Sars-CoV-2 sont-elles naturelles, ou artificielles ? La question semble d'autant plus pressante que le coronavirus issu des chauves-souris a été séquencé par des chercheurs de Wuhan.

Des analyses détaillées des deux génomes, réalisées par plusieurs équipes indépendantes, montrent que les différences «sont réparties dans tout le génome, selon un schéma naturel qui suit les caractéristiques évolutives typiques des CoV». Autrement dit, la répartition aléatoire des mutations correspond à un processus naturel. En outre, le nombre de ces mutations démontre que les deux virus sont de proches cousins, mais qu'il existe nécessairement des formes virales intermédiaires – et probablement des hôtes intermédiaires – qui restent à identifier. Le Sars-CoV-2 ne peut donc pas avoir été créé en laboratoire à partir de RaTG13.

Une troisième rumeur, qui circule essentiellement sur les réseaux sociaux chinois, selon laquelle le CoV responsable du Covid-19 aurait été créé par les Etats-Unis. Cette thèse s'appuie sur l'existence de travaux menés en 2015 en Caroline du Nord et impliquant un chercheur de Wuhan. Leur objet : les effets de l'intégration intentionnelle d'un gène de RsSHC014 (un autre coronavirus de chauve-souris) dans le génome du Sars-CoV-1. En réalité, les différences entre le génome du virus étudié par ces chercheurs et le Sars-CoV-2 sont extrêmement nombreuses. La proximité entre le virus du Covid-19 et le RaTG13 ne laisse de toute façon guère de champ à cette thèse.

Pas d’inserts du VIH dans le Sars-CoV-2

Une version alternative de la rumeur veut que le coronavirus en circulation présente des séquences issues du génome du VIH-1, virus responsable du sida. L'hypothèse a été formulée le 2 février par des chercheurs indiens dans une prépublication sur le site MedRxiv. Selon eux, quatre mutations du Sars-CoV-2 étaient soit identiques soit similaires à des mutations existant dans trois souches distinctes du VIH-1.

Ces allégations ont été méticuleusement réfutées par une équipe de virologue chinois et nord-américains. En effet, les séquences prétendument identifiées comme des «inserts» du code génétique du VIH ne sont en réalité pas caractéristiques du virus de l'immunodéficience humaine, et se retrouvent dans de très nombreux virus. Plus encore : les séquences du Sars-CoV-2 étudiées par les Indiens partageaient bien plus de similarités avec d'autres virus qu'avec le VIH ! Enfin, les fameuses séquences se retrouvent également dans plusieurs coronavirus de chauve-souris découverts plusieurs années avant le Sars-CoV-2.

Au vu de sa très grande fragilité, l'article indien a été retiré de MedRxiv. Ce qui n'empêche pas certains de remettre la thèse sur le tapis, avec les mêmes arguments. Parmi eux, on trouve le professeur Luc Montagnier qui, dans une interview au site Pourquoidocteur, évoque l'article indien en se gardant bien d'expliquer les raisons de sa suppression de MedRxiv. Il reprend à son compte l'idée d'inserts du VIH dans le Sars-CoV-2, en faisant fi des réfutations déjà apportées. Il n'est pas inutile de rappeler que, bien que récipiendaire d'un prix Nobel en 2008 pour sa codécouverte du VIH, le professeur Montagnier s'est depuis largement illustré par la défense de thèses réfutées par les faits scientifiques : possibilité de transmettre «l'empreinte électromagnétique de l'ADN» par Internet, traitement de la maladie de Parkinson avec de la papaye fermentée, guérison du sida nécessitant simplement «un bon système immunitaire», tests fantaisistes de détection de la borréliose de Lyme, etc.

A noter enfin que concernant l'épidémie de Sras de 2002-2004, il avait fallu attendre plusieurs années pour que des études scientifiques confirment les origines de la contamination.